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부산조세불복, 영농조합법인 농지 현물출자하면 토지 양도세 감면

by 조세전문 김광수 변호사 2024. 12. 4.

부동산을 현물출자하는 경우 양도에 해당하므로 양도세를 신고납부해야 합니다. 그런데 농민이 농지를 영농조합법인에 현물출자하면 토지 양도소득세를 전액 감면(한도 있음)합니다.

농업인이 아닌 자가 포함되어 영농조합법인이 설립되었다면 농지 현물출자 양도소득세 세금감면을 받을 수는 없지만, 8년 자경농지 양도세 감면요건을 충족한 부분이 있다면 세금감면을 받을 수 있습니다.

 

영농조합법인 농지 현물출자 양도세 조세불복(조세소송)

- 납세자 H는 1997. 3. 18. 경기도 구리시 소재 토지 중 40% 지분을 취득함(구리시 토지 중 납세자 H 지분)

- 납세자 K는 1997. 3. 18. 구리시 토지 중 25% 지분을, 2007. 9. 13. 구리시 토지 중 5% 지분을 취득함(지분 합계 30% 지분을 ‘구리시 토지 중 납세자 K 지분’이라고 함) 

- 납세자 K는 1988. 11. 25. 강동구 소재 토지(‘강동구 토지’라 하고, 구리시 토지 중 납세자들 지분과 통틀어 ‘이 사건 토지’라고 함)를 취득함

- 납세자들은 2015. 5. 7. 조합원을 납세자들, B, D, Y, G, M로 한 영농조합법인 A를 설립함

- 납세자들은 2015. 5. 26. 조합원을 납세자들, B, D, Y로 한 영농조합법인 E시티(이하 A와 통틀어 ‘이 사건 영농조합법인’이라고 함)를 설립함

- 납세자 H는 2015. 5. 30. 구리시 토지 중 납세자 H 지분을 E시티에 현물출자했고, 2015. 6. 30. 지분이전등기를 함

- 납세자 K는 2015. 5. 30. 구리시 토지 중 납세자 K 지분을 E시티에 현물출자했고, 같은 날 강동구 토지를 A에 현물출자했으며, 2015. 6. 30. 지분이전등기를 함

- 납세자 H는 2015. 8. 31.경 구리시 토지 중 납세자 H 지분의 현물출자에 관해 농업인이 영농조합법인에 현물출자한 경우의 세금 감면규정을 적용해 양도소득세 신고를 함

- 납세자 K는 2015. 9. 9.경 구리시 토지 중 납세자 K 지분과 강동구 토지의 각 현물출자에 관해 농업인이 영농조합법인에 현물출자한 경우의 감면규정을 적용해 양도소득세 신고를 함

- 국세청은 납세자들을 제외한 나머지 조합원들은 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법에서 정한 농업인에 해당하지 않아서, 이 사건 영농조합법인은 조세특례제한법 제66조에서 규정한 ‘영농조합법인’에 해당하지 않음을 이유로 납세자들의 양도소득세 감면 신청을 부인하고 세금을 부과함

- 납세자들은 양도세 취소를 위한 조세불복으로 조세심판청구를 거쳐 조세소송을 제기함

 

영농조합법인 농지 현물출자, 토지 양도세 감면 조세불복 판단

- 세금(양도소득세) 일부 취소

- 납세자들이 농업인이 아닌 자를 조합원으로 해 영농조합법인을 설립했으므로 영농조합법인 현물출자 감면(조세특례제한법 제66조)을 적용할 수 없음

- 예비적 주장인 8년 자경농지 양도세 감면(조세특례제한법 제69조)은 적용함

 

농지 현물출자 토지 양도소득세 감면 이유

“과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다. 이 사건 영농조합법인이 조세특례제한법 제66조 제4항 ‘영농조합법인’이라는 점, 즉 영농조합법인이 5인 이상 농업인을 조합원으로 해 설립되었다는 점은 납세자들이 증명해야 한다.

영농조합법인 조합원 중 납세자들이 농업인인 사실, A의 조합원 중 G, M이 농업인이 아닌 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없다. 따라서 영농조합법인이 5인 이상 농업인을 조합원으로 해 설립되었음이 인정되려면, 나머지 조합원들인 B, D, Y가 모두 농업인이어야 한다. (중략)

D를 농업인으로 보기 어려운 이상, 납세자들 및 B, Y가 농업인이라고 하더라도, 5인 이상 농업인을 조합원으로 해 설립되지 않아 적법한 영농조합법인이라고 볼 수 없다. 그러므로 납세자들의 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 양도소득세 감면신청은 받아들일 수 없다. (중략)

납세자 H는 2005년경부터 2014년경까지 남양주시, 2014년경부터 광진구에서 거주했고, 납세자 K는 2002년경부터 남양주시에서 거주하면서, 인근의 자신 소유 농지를 자경해 오던 농업인이다. 별지 목록 3 ~ 5 토지의 각 보유 지분을 농지로 8년 이상 직접 경작하고, 납세자 K는 별지 목록 10 ~ 13 토지를 농지로 8년 이상 직접 경작한 사실이 인정된다. 반면 납세자들이 든 증거를 모두 모아 보더라도, 납세자들이 나머지 토지를 농지로 8년 이상 직접 경작했다고 보기 부족하다. 따라서 별지 목록 3 ~ 5 토지의 납세자들 보유 지분과 별지 목록 10 ~ 13 토지에 관해 자경농지 양도소득세 감면 적용을 배제한 부분은 위법하다[세금(양도세) 일부 취소, 의정부지방법원 2020구합10543 판결, 서울고등법원 2020누66710 판결]"

 

부산조세불복, 영농조합법인 농지 현물출자 토지 양도세 감면

농업인이 농지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득은 양도소득세 100% 세금감면을 합니다(조세특례제한법 제66조 제4항).

영농조합법인은 5인 이상 농업인을 조합원으로 설립해야 합니다(농어업경영체법 제16조). 농업인에 해당하지 않는 자가 조합원으로 포함되어 있다면 농민인 조합원들이 농지를 영농조합법인에 출자했더라도 양도세를 감면하지 않습니다.

부동산 양도세 비과세·감면 요건 충족여부는 토지 건물 등 양도 전에 전문가인 세무사 상담을 받아 볼 필요가 있습니다.

양도소득세 경정청구, 서울 부산조세불복은 조세전문변호사 도움을 받으시기 바랍니다.